По сохранившимся сведениям, селение под названием Нелжинский починок возникло в начале XVII века. В 1624 году воронежские атаманы Борис Каменное Ожерелье и Василий Шайдура получили земли близ этого починка. Возникшее поселение упоминается как атаманское село с церковью или "Борисово село Нелжа". В 1641 году Нелжа была разорена и сожжена татарами, заново возродившись через пять лет. До 1923 года село территориально входило в состав Усманского уезда Тамбовской губернии.

Никольская церковь в Нелже была построена в 1734 году "тщанием Преосвященнаго Иоакима, бывшаго епископа Воронежскаго и Елецкаго", родившегося в этом селе. В этой церкви находились архиерейское место и портрет владыки Иоакима. Приписной к Никольской церкви являлась Троицкая церковь в селе Савицком.

По данным Тамбовской епархии на 1876 год, в штате Никольского прихода числились: настоятель, помощник и два псаломщика. Прихожан 1920 человек. Земли пахотной и сенокосной 33 десятины. По документам епархии за 1893 год, штат храма состоял из настоятеля, диакона и псаломщика. В земской школе села обучалось 53 человека, а в школе грамотности – 16 (девочек). Прихожан мужского пола 966 человек.

В документах 1911 года содержатся следующие сведения: "Церковь каменная, теплая, построена на средства Преосвященнаго Иоакима, епископа Воронежскаго и Елецкаго. Престолов два: во имя святителя Николая и в честь Корсунской иконы Божией Матери". Дворов в селе насчитывалось 398, в них проживало 2839 человек, "великороссы, земледельцы, имеют земли по полторы десятины на душу в трех полях. Школы две: церковно-приходская и земская, обе одноклассныя, смешанныя, священнику от обеих школ 60 руб. в год. Есть церковно-приходское попечительство. Имеются опись церковнаго имущества и метрическия книги с 1812 года. Церковная библиотека в 250 томов".

Церковь перестраивалась в 1890-1900 годах. В 1936-1937 гг. храм закрыли и превратили в зернохранилище. Церковное здание постепенно разрушалось до тех пор, пока в начале 1990-х местные жители не получили разрешение на его восстановление. В настоящее время храм является объектом исторического и культурного наследия областного значения.

Много лет в старинном храме велись реставрационные работы. При активном участии прихожан и помощи благотворителей восстанавливалось как наружное, так и внутреннее благолепие Дома Божия.

5 ноября 2023 года совершилось историческое для с. Нелжа и для всего Воронежского края событие - Высокопреосвященнейший Сергий, митрополит Воронежский и Лискинский, Глава Воронежской митрополии, совершил Великое освящение возрожденного и благоукрашенного храма в честь святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских, Чудотворца. Правящему Архиерею сослужили секретарь Воронежского епархиального управления протоиерей Андрей Скакалин, благочинный Рамонского церковного округа иерей Андрей Курлыкин, настоятель Никольского храма с. Нелжа протоиерей Алексий Никулин, благочинный Новоусманского церковного округа протоиерей Сергий Дорофеев, клирик Никольского храма р/ц Рамонь иерей Александр Сопов.

В начале чина Великого освящения митрополит Сергий и сослужащие клирики совершали священнодействия с главным предметом алтаря - Престолом. После утверждения на столпах престольной доски, прибиваемой четырьмя кованными гвоздями (по числу гвоздей при распятии Господа Иисуса Христа на Кресте), Архипастырь помазал новосооруженный Престол Святым Миром. Затем были окроплены святой водой и одеты священные облачения на престол и жертвенник. Священнодействия чередовались чтением псалмов и особых молитв, возносимых Архиереем о новосооруженном храме и о всех в нем служащих и молящихся.

После облачения престола и жертвенника в священные ризы было совершено каждение новоосвященного Престола и алтаря, священники окропляли стены храма святой водой и крестообразно помазывали Святым Миром. Затем Архипастырь возглавил шествие со святыми мощами. По внесении в алтарь они были вложены в Антиминс и в основание Престола.

В завершение чина Великого освящения было возглашено многолетие создателям храма и освятившему его митрополиту Сергию. Высокопреосвященнейший Владыка осенил всех молящихся Крестом на четыре стороны света и окропил святой водой.

Затем Правящий Архиерей с сослужащими клириками совершил в новоосвященном храме Божественную литургию. На сугубой ектении были произнесены прошения: "...о еже прияти молитвы нас недостойных рабов Твоих в сию годину испытания, пришедшую на Русь Святую...", а также прошение о "Преосвященных архипастырях, пастырях, монашествующих и мирян земли Украинския, о единстве Церкви Христовы ревнующих, в заточении и гонениях сущих". Затем митрополит Сергий вознес молитву о Святой Руси. По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла эта молитва возносится во всех храмах Русской Православной Церкви. (Текст молитвы размещен на нашем сайте - воспользуйтесь ссылкой внизу страницы).

После пения молитвы Господней "Отче наш" и запричастного стиха с проповедью к молящимся обратился иерей Александр Сопов.

По завершении богослужения настоятель Никольского храма иерей Алексий Никулин от лица всех прихожан сердечно поблагодарил митрополита Сергия за великую радость совместной церковной молитвы и совершенное Великое освящение возрожденного старинного храма.

Обращаясь к духовенству и пастве, митрополит Сергий поздравил всех собравшихся с историческим событием в жизни прихода, поблагодарил настоятеля и всех принимавших участие в восстановлении и благоукрашении храма за понесенные благие труды, призвал верующих любить свой храм и приходить сюда с молитвой во всех обстоятельствах жизни. (Видеозапись слова митрополита Сергия смотрите на встроенном плеере внизу страницы).

В память о совершенном Великом освящении храма Глава Воронежской митрополии вручил настоятелю и прихожанам образ святителя Митрофана, первого епископа Воронежского, 400-летие со дня рождения которого отмечается в нынешнем году.

За усердные труды по благоукрашению храма и подготовке его к Великому освящению Архипастырь удостоил благотворителя прихода генерального директора ООО "Феррум" и ООО "Крафт" Романа Викторовича Манькова высокой епархиальной награды - медали святителя Митрофана Воронежского.

При выходе из храма митрополит Сергий преподал богомольцам святительское благословение.